Una adecuada protección sanitaria de un pozo incluye todas las fases de su proyecto y construcción. Por ello es precioso seleccionar de forma adecuada su lugar de emplazamiento, poniendo especial atención a la posible existencia de fosas sépticas, corrales, alcantarillados, desagües, etc, focos generales de contaminación. Durante las labores de construcción, las propias manipulaciones inherentes a la misma pueden provocar contaminaciones. Y durante el funcionamiento del pozo, también será necesario adoptar medidas de protección.
Una vez terminada la construcción del pozo y la instalación de sus accesorios, es esencial proceder a su completa desinfección, para lo que se suele utilizar una solución concentrada de cloro, disolviendo en el agua hipoclorito cálcico o sódico o cloro gaseoso.
